В сезоне 2016 года ФК Неман» был единственным представителем гродненского региона среди сильнейших команд страны. Крайне неудачным для клуба вышел старт чемпионата. Первая победа в турнире была одержана только в восьмом туре. В сложившейся ситуации руководство клуба пошло на кардинальные перемены. На тренерском мостике состоялась смена главного тренера. Вместо Сергея Солодовникова к руководству команды пришел Игорь Ковалевич, главный тренер молодежной сборной команды Республики Беларусь, а в прошлом известный белорусский футболист, отдавший много лет в своей карьере гродненскому футболу.
После замены тренера у клуба стали налаживаться дела и в чемпионате. Команда начала одерживать победы и за два тура до финиша сохранила место в элитном дивизионе, заняв общее 13 место.
Средняя посещаемость домашних матчей «Немана» составила 1356 болельщиков. Лучшим игроком по системе гол+пас признан Павел Савицкий, который забил 6 голов и отдал одну голевую передачу.
Всего в чемпионате было задействовано 32 игрока. По ходу турнира команду покинули 5 спортсменов, пришли 8.